Vì tranh giành quyền nên anh em Nguyễn Huệ - Nguyễn Nhạc đã không có điều kiện kiểm soát đến các xứ thuộc Ðàng Trong nhất là từ Quy Nhơn (Bình Ðịnh) trở vào, lợi dụng thời cơ đó, Nguyễn Ánh đã cùng với các bộ tướng cũ, tháng 9 năm Ðinh Mùi (1787) trở về nước. Chúa Nguyễn đã được dân miền Nam giúp đỡ rất nhiều, có nhiều tướng giỏi đến phò như Võ Tánh,[7] nên chẳng mấy chốc lực lượng Nguyễn Ánh đã lớn mạnh.[cần dẫn nguồn]

Tháng 7 năm Đinh Vị (1787) quân Nguyễn đánh vào Long Xuyên có kết quả. Nguyễn Ánh mạo một bức thơ để Nguyễn Lữ hiểu lầm thái độ của viên Trấn thủ Sài Côn là Phạm Văn Tham, lợi dụng sự nghi ngờ của tướng Tây Sơn, Nguyễn Vương chiếm Sa Đéc, Vĩnh Long rồi đóng quân ở Mỹ Tho dùng nơi này làm căn cứ.[8]

Ngày 7- 9-1788 quân Nguyễn đánh được Gia Định đuổi được tướng Phạm Văn Tham đang giữ thành này. Từ giờ này trở về sau thành Gia Định nằm dưới sự kiểm soát của họ Nguyễn.[8]

Tháng 9-1788, các tàu Dryade, Garonne, Đại úy Cook và Moyse mang nhiều vũ khí đến Sài Côn và một số sĩ quan Pháp là: Olivier, Dayot, Vannier, Laurent André Barisy, De Forsans phần nhiều sở trường về hải quân và tổ chức các ngành quân đội theo lối Âu châu. Từ giai đoạn này quân Gia Định của chúa Nguyễn mỗi ngày một mạnh bởi được chỉnh bị và cải tổ theo Tây phương về chiến thuật cũng như về chiến lược.

Năm Canh tuất (1790) quân Nguyễn chiếm lại Bình Thuận.

Tháng 3 năm Quý Sửu (1793) Nguyễn Phúc Cảnh được lập làm Đông Cung lãnh chức coi Tả quân.